Na wstępie należy wskazać, iż przedsiębiorca - jako pracodawca - ponosi ryzyko prowadzonej działalności, a to obejmuje zarówno choroby zawodowe i wypadki pracownika, jak też ogół negatywnego oddziaływania na pracownika czynników w pracy. Przykładowo, stosownie do art 229 ustawy Kodeks pracy, pracodawca jest obowiązany zapewnić pracownikom, na swój koszt, profilaktyczną opiekę lekarską. Na tę opiekę składają się trzy rodzaje badań:
1) wstępne, dla osób przyjmowanych do pracy lub pracowników młodocianych przenoszonych na inne stanowiska pracy i innych pracowników przenoszonych na stanowiska pracy, na których występują czynniki szkodliwe dla zdrowia lub warunki uciążliwe;
2) okresowe, w terminie wyznaczonym przez lekarza medycyny pracy oraz
3) kontrolne, w przypadku niezdolności do pracy trwającej dłużej niż 30 dni, spowodowanej chorobą.
Poza tym prawo nakłada na pracodawcę obowiązek ponoszenia też innych kosztów profilaktycznej opieki zdrowotnej pracowników, niezbędnej z uwagi na warunki pracy.
Koszty te stanowią zatem koszty uzyskania przychodów.

Poza nimi, pracodawcy czasami zapewniają pracownikom pomoc medyczną w innych zakresach. Również wtedy jest możliwość podobnej kwalifikacji tych wydatków. Niekiedy zapewnienie pracownikom przez pracodawcę usług medycznych wpływa na polepszanie ich zdrowia, a zatem poprawiają one też efektywność pracowników (brak zwolnień lekarskich). Mogą one zatem stanowić koszt uzyskania przychodów, albowiem w myśl art. 22 ustawy PIT (analogicznie art. 15 ustawy CIT) kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23 (art. 16 ustawy CIT). Koszty pakietów medycznych, wydatki na nieobowiązkową profilaktykę medyczną, czy przykładowo na zakup leków ponoszone na rzecz pracowników mogą zatem stanowić koszty uzyskania przychodów. Wydatki takie są bowiem związane z działalnością przedsiębiorcy i uznawane za koszty pośrednie. Wydatki pracodawcy mogą dotyczyć kosztów usług medycznych lekarzy różnych specjalności, w tym również na pomoc psychologiczną i psychiatryczną. Tytułem przykładu koszty nabycia usług medycznych polegających na udzielaniu pomocy psychologicznej lub psychologiczno-psychiatrycznej (w tym konsultacje w miejscu wypadku, bezpośrednio po wypadku, w trakcie pobytu w szpitalu, wsparcie psychologiczne, skierowanie na właściwą ścieżkę terapeutyczną, zapewnienie dyżuru psychologa) w odniesieniu do pracowników i osób im bliskich zostały uznane za koszty uzyskania przychodów w interpretacji Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 4 października 2017 r. nr 0111-KDIB1-2.4010.203.2017.1.AW. Podkreślono też, że „…koszty te obejmują przede wszystkim wynagrodzenia, mogą również obejmować wydatki ponoszone na zakup usług medycznych czy psychologicznych udzielanych osobom uczestniczącym w wypadkach lub zdarzeniach związanych z działalnością pracodawcy, ponieważ usługi te są związane z prowadzoną przez Spółkę działalnością gospodarczą”.

Jednak koszty opieki medycznej mogą stanowić tzw. inne nieodpłatne świadczenia dla pracowników, które podlegają opodatkowaniu. Jak przykładowo wskazano w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 sierpnia 2014 r., sygn.akt II FSK 1970/12 takie świadczenie można uznać za "inne nieodpłatne świadczenie" w rozumieniu art. 12 ust. 1 i art. 11 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym PIT, jeżeli pracownik wyraził zgodę na objęcie go świadczeniem medycznym. Bez znaczenia w tych okolicznościach pozostaje to czy pracownik w rzeczywistości skorzystał z usługi medycznej objętej pakietem, czy też nie. Już samo przyznanie mu "abonamentu" medycznego przynosi realną korzyść w postaci uniknięcia wydatku, jaki musiałby ponieść w przypadku braku takiego świadczenia ze strony zakładu pracy. Wartość tego świadczenia ustala się na podstawie cen zakupu, albowiem tak stanowi art. 11 ust. 2a pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Występują także przypadki, w których pakiety medyczne finansuje częściowo pracodawca, a częściowo pracownik. Warto podkreślić, iż wówczas przychodem pracownika jest różnica pomiędzy wartością tego świadczenia, ustalona według ceny zakupu pakietu medycznego, a odpłatnością ponoszoną przez pracownika.
Jaki wpływ ma takie zapewnienie opieki medycznej na podstawę wymiaru składek ZUS? Co do zasady wartość pakietu medycznego, który pracodawca finansuje pracownikowi, stanowi podstawę wymiaru składek na ubezpieczenie społeczne i składki na ubezpieczenie zdrowotne. Ale jest też pewien wyjątek, o którym trzeba wiedzieć. Mianowicie jeżeli tego rodzaju świadczenia wynikają z układów zbiorowych pracy, regulaminów wynagradzania lub przepisów o wynagradzaniu, to stanowią przychód pracowników, również tych partycypujących w kosztach zakupu tych usług, wówczas wartość tych świadczeń wyłącza się z podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe.

Jeżeli chodzi o koszty opieki medycznej samego przedsiębiorcy, to z reguły kwalifikuje się je jako osobiste wydatki, nie stanowiące kosztu uzyskania przychodów. Bywa jednak tak, że w niektórych zawodach powiedzmy sportowca, koszt rehabilitacji po doznanej kontuzji (ale już nie koszt leczenia kataru) może zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów, bo po pierwsze ma związek z przychodami, a po drugie nie został wyłączony przez ustawę.